Analog zur Serie, trat die Expedition, am 16. Juli 2004 durch das Sternentor und betrat so nach zehntausend Jahren als erste Menschen, die antike Stadt Atlantis. Seit diesem Tag sind, innerhalb des Spiels, sechs Jahre vergangen. Die Wraith erwachten, größtenteils durch unsere Schuld und begannen die Galaxie zu verschlingen. Ein alter Feind, der Antiker, die Kathosianer kam aus den Schatten einer anderen Dimension um jede Spur der Antiker und ihrer Nachfahren zu vernichten. Wir kämpften und versuchten alles, doch wir verloren den Kampf gegen die Kathosianer, Atlantis, fast unsere komplette Flotte und viele liebgewonnene Freunde.

Doch das alles ist für die Pegasus Galaxie altertümliche Geschichte. Gefangen in einem Zeiterweiterungsfeld, vergingen für die Menschen der Erde nur wenige Monate, für die Pegasusgalaxis jedoch 10000 Jahre.  Als wir den Kontakt mit der Pegasus wieder herstellen konnten, schickte die Erde das letzte verbliebene Schiff zurück um dort nach Überlebenden zu suchen, wir hatten keine Ahnung, was dort geschehen war. Beim Eintritt in das langsam kolabierende Zeiterweiterungsfeld wurde das Schiff zerrissen und nur wenige Personen konnten sich auf einen Planeten innerhalb der Galaxis retten, nicht bewusst, dass der Zusammenbruch des Feldes die Zeit nun entgegengesetzt veränderte und die Zeit auf der Erde schneller verging, als in der Pegasus.

Eine Galaxie voller neuer Abenteuer, neuer Freunde und neuer Feinde. Die Wraith scheinen vernichtet. Atlantis und die Expedition ein religiöser Mythos, der die Galaxie von einem großen Übel befreit hat.

Eine Galaxie in der sich ein interstellarer Pakt mit unvorstellbarer Technologie ausgebreitet hat. Eine Galaxie in der schnelle Rennen mit schwebenden Gleitern und Duelle mit schweren Revolvern genauso ihren Platz haben, wie politische Intrigen von mächtigen Senatoren und Menschen die ihre Körper mit Technologie verbessert haben.

Eine Galaxie in der eine kleine Gruppe Fremder einen Weg nach Atlantis und damit einen Weg nach Hause sucht.